创建于1910年，当时馆址在大连市开埠时的市政厅内，先后称"地质调查所"、"满蒙物质考馆"、"东北地志博物馆"、"东北资源馆"。1959年更名为"大连自然博物馆"，并由郭沫若先生亲题馆名。为跟上科教的发展，1998年10月29日，新馆正式对外开放。
新建的自然博物馆地处风景秀丽的黑石礁海滨，与星海公园毗邻，面积1.5万平方米，地下一层，地上三层，是座典型的现代欧式建筑。大楼外青翠的青坪、蓝色的大海与优美的本体建筑相映衬，更充分体现了"自然"这一主题。新馆现已开放恐龙、硬骨鱼类、软骨鱼类、小型海兽、大型海兽、海洋无脊椎动物和海藻六个展厅。其中有很多独一无二的标本，如重达60多吨的黑露脊鲸、40多吨的抹香鲸等。今后还将继续开放动植物展厅、地质展厅、生物教学厅、儿童科学探索厅等。
新建的自然博物馆在展示手段上，充分运用了现代灯光音响和多媒体计算机等高科技，除传统的陈列外，还以互动方式将标本与观众拉近，使自然之物和人完美地融合，达到寓教于乐的目的。馆内还辟有供学术研究和会议、放映、科普夏令营等主题文化活动的多功能厅。
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